Le origini di Rapagnano affondano nell’antichità: citato da Plinio il Vecchio, il territorio fu abitato già in epoca picena e preromana, come attestano i reperti rinvenuti nel 1880 in località San Tiburzio — elmi, scudi e il celebre Disco Corazza, oggi conservati al Museo Archeologico di Ancona.

Sull’etimologia del nome esistono diverse ipotesi. L’ipotesi più accreditata lo fa risalire al dio Giano, divinità solare a cui sarebbe stato dedicato un tempio sulla sommità del colle dove oggi sorge il paese, area in cui sono stati rinvenuti reperti romani e preromani; un’altra, legata alla tradizione agricola, lo collega invece alla coltivazione delle rape, simbolo ripreso nello stemma comunale, accanto a un cipresso e a una stella cometa.

Nel Medioevo Rapagnano divenne castello fortificato sotto la giurisdizione di Fermo. I documenti del 1059 lo registrano tra i possedimenti del Vescovo di Fermo, e per secoli il borgo mantenne un saldo legame con la città fermana, pur attraversando periodi di contesa con Montegiorgio e brevi occupazioni, come quella di Carlo Malatesta nel Quattrocento.

Rapagnano è anche luogo natale di Papa Giovanni XVII eletto pontefice nel 1003. Nei secoli successivi il paese subì importanti trasformazioni: un terremoto tra Seicento e Settecento portò alla ricostruzione di chiese e palazzi, tra cui il Palazzo Comunale e la piazza principale, che definiscono ancora oggi il volto del borgo.